La sfârșitul secolului al XIX-lea, teritoriul actual al comunei făcea parte din comuna Călărașii Vechi, iar satul tocmai apăruse în jurul stației de cale ferată „Siliștea”, având numele de „Gara-Siliștea”. Anuarul Socec din 1925 consemnează însă deja comuna ca fiind înființată, cu numele de Ștefan Vodă, având 1808 locuitori și aparținând plășii Ciocănești din județul Ialomița.
În 1950, comuna a fost arondată raionului Călărași din regiunea Ialomița și apoi (după 1952) din regiunea București. În 1968, a revenit la județul Ialomița, reînființat. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Călărași.
Fiind comună nou creată, pentru administraţia publică locală problemele ce trebuiau rezolvate nu erau deloc uşoare. În primul rând nu existau sedii pentru principalele instituţii ale comunei: primărie, şcoală, biserică, post de jandarmi, etc.
În 1922, cu sprijinul Ministerului Învăţământului şi cu contribuţia în muncă a locuitorilor comunei, se construieşte un local de şcoală unde învaţă şi astăzi copiii locuitorilor acestei comune.
În anul 1924 se trerminau lucrările la biserica din comună, iar în anul 1938 s-a pietruit drumul ce face legătura dintre sat şi Drumul Naţional 21 – Slobozia Călăraşi.
În anul 1932, în timpul mandatului de primar al lui Constantin Petru s-a construit sediul Primăriei unde funcţionează şi astăzi administraţia publică locală.
Comuna Ștefan Vodă face parte din Regiunea Sud Muntenia fiind amplasată partea de sud-est a județului Călărași, la 14 km de municipiul Călărași, capitala județului și la 120 km de capitala țării.